او در عرفان از طریقۀ ملا حسینقلی همدانی پیروی می‌ کرد و رسیدن سالک به مقام توحید را بدون پذیرفتن ولایت ائمه و حضرت زهرا(س) امکان‌پذیر نمی‌ دانست. در طریقت عرفانی او انجام مستحبات، رفتن به زیارت قبور، توسل به امام حسین(ع) و انتخاب استاد جایگاه مهمی داشت. رساله سیر و سلوک بحرالعلوم را بهترین کتاب عرفانی می‌ دانست و روش احراق را توصیه می‌ کرد.

او از محضر اساتید بزرگی چون میرزاموسی تبریزی، شیخ محمد حسن مامقانی، محمدفاضل شربیانی، میرزا محمدعلی قراچه داغی، شیخ الشریعه اصفهانی، آخوند خراسانی، سید احمد کربلایی، محمد بهاری، سید محمد کاظم طباطبائی یزدی و شیخ مرتضی انصاری بهره گرفت.

حضرات آیات سید محمد حسین طباطبائی، سید محمد حسن الهی طباطبایی، سید ابوالقاسم خوئی، سید هاشم موسوی حداد، محمد تقی بهجت، سید حسین بادکوبه‌ای، سید عبدالکریم کشمیری، علامه طباطبایی و محمد تقی آملی، سید محمد حسینی همدانی، سید عبدالحسین دستغیب شیرازی، محمدرضا مظفر، محمدهادی میلانی، سید شهاب الدین مرعشی نجفی، شیخ عبدالحسین حجت انصاری، شیخ عباس قوچانی، شیخ علی اکبر مرندی، سید هاشم حداد، میرزا علی غروی علیاری و …. در زمره شاگردان ایشان به شمار می روند.

مرحوم قاضی بخشی از قرآن را تفسیر نموده و تألیفاتی نیز در فقه و اصول داشته که اکثر آن ها از بین رفته است و آن چه باقی مانده، تعلیقه‌ای بر کتاب ارشاد مفید است. وی این کتاب را در ۲۱ سالگی تصحیح کرده و در ۱۷ ربیع الاول ۱۳۰۸ آماده چاپ شده است. استاد در این تعلیقه، شرح حال شیخ مفید را نگاشته است.

از دیگر آثار برجای مانده وی، اشعاری است که به مناسبت‌های مختلف سروده است؛ مثل غدیریه، شعر در مدح وادی السلام، و شعری در مورد نجف اشرف. نامه‌ها و دستورالعمل‌های عرفانی نیز از دیگر آثار استاد است که مرحوم قاضی به سید حسن الهی (برادر علامه طباطبایی)، شیخ ابراهیم و… نوشته است.

مرحوم قاضی بنده‌ای متواضع و فروتن بود؛ از هر گونه شهرت طلبی پرهیز کرده و خدمت به خلق خدا را وظیفه خود می‌‌دانست.

سید محمدحسن قاضی در یادداشت‌های خود آورده است: «نقل کرده‌اند که روزی آیت الله قاضی با آیت الله سید محسن حکیم (مرجع مشهور تقلید) در صحن شریف حیدری (در نجف اشرف) تصادفا با هم ملاقات نمودند. در این وقت، در صحن جنازه‌ای را تشییع می‌‌کردند، صاحبان میت از مرحوم قاضی درخواست اقامه نماز بر آن میت کرده بودند.

مرحوم قاضی، آیت الله حکیم را مأمور به خواندن نماز نموده بود، ولی مرحوم حکیم امتناع نموده و اصرار به مقدم نمودن مرحوم قاضی کرده بود. مرحوم قاضی فرموده بود: «چون شما بین مردم مشهورتر از من هستید، اگر شما اقامه نماز بکنید، مردم زیادی جمع می‌‌شوند و این، سبب ثواب زیادی برای میت می‌‌شود.» به ناچار آقای حکیم اقامه و مرحوم آقا سید علی قاضی به ایشان اقتدا کرده بود».

آن عالم ربانی تا جان داشت بدون هراس از مخالفان و معاندان برای احیای ارزش‌‌های دینی اهتمام ورزید. مجاهد عظیم الشان آیت الله قاضی طباطبایی ذریه پاک ائمه اطهار علیهم السلام در شامگاه روز دهم آبان سال ۱۳۵۸ مصادف با عید سعید قربان سال ۱۳۹۹ هجری بعد از ادای فریضه نماز مغرب و عشاء و در حال مراجعت از مسجد به منزل مورد هجوم عوامل سرسپرده استکبار تحت نام گروه فرقان قرار گرفته و شهد شهادت نوشید، وسنگر خون بار محراب بار دیگر خونین شد.