به گزارش خبرگزاری موج، برخی منابع خبری باکو این دانشگاه را بیشتر وابسته به هواداران فتح الله گولن مخالف سرسخت دولت فعلی ترکیه می دانند. برای بررسی انتقال دانشجویان دانشگاه قفقاز به دیگر دانشگاه های جمهوری آذربایجان یک کار گروه در وزارت آموزش و پرورش آذربایجان شکل گرفته است. رئیس دانشگاه قفقاز فردی به نام احمد سانیچ از اتباع ترکیه است.