، در اولین جلسه دادگاه در ۲۱ آذرماه ۱۴۰۲، نماینده دادستان، اتهامات ۴ نفر از متهمان پرونده یعنی تشکیلات موسوم به مجاهدین خلق (معروف به گروهک منافقین) متهم ردیف اول، مسعود رجوی متهم ردیف دوم، مریم قجر عضدانلو (رجوی)  متهم ردیف سوم و مهدی ابریشمچی متهم ردیف چهارم پرونده را قرائت کرد.

در جلسه دوم دادگاه در  ۲۸ آذرماه ۱۴۰۲، کیفرخواست متهمان ردیف ۵ تا ۲۳ پرونده اعم از زهره اخیانی، فهمیه اروانی، مهدی براهی، مژگان پارسایی، زهرا مریخی، محمد علی توحیدی خانیکی، علی خدایی، مهدی خدایی، عباسعلی داوری فیضی پورآذر، سید مجید سید المحدثین، صدیقه حسینی، مسعود طریقت، مهوش سپهری، قدسی خرازیان، مهناز سلیمیان، محسن سیه گلاه، مریم فضل مشهدی، بهشته شادرو، ژیلا دیهیم قرائت شد.

در جلسه سوم دادگاه در ۵ دی ماه ۱۴۰۲، نماینده دادستان کیفرخواست متهمان ردیف ۲۴ تا ۳۳ اعم از ابوالقاسم رضایی، حمیرا حجتی امامی،  محمود عطایی کاریزی،  گلناز جواهری ساعتچی،  مهربان حاجی نژاد،  مرتضی اسماعیلیان مارنانی،  دولت نوروزی،  زهرا بخشایی،  محمد حیاتی و نیکو خائفی اشکذری را قرائت کرد.  

در چهارمین جلسه در ۱۲ دی ۱۴۰۲، نماینده دادستان، قبل از قرائت ادامه کیفرخواست به تشریح جنایات گروهک تروریستی منافقین پرداخت.

در پنجمین جلسه دادگاه در  ۱۹ دی ماه ۱۴۰۲، کیفرخواست متهمان ۳۴ تا ۴۲ پرونده قرائت شد.

در ششمین جلسه دادگاه در ۲۶ دی  ماه ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۴۳ تا ۷۰ قرائت شد.

در هفتمین جلسه دادگاه در ۳ بهمن ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۷۱ تا ۸۹ قرائت شد.  

در هشتمین جلسه دادگاه در ۱۰ بهمن ماه ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۹۰ تا ۱۰۵ به همراه عناوین اتهامی متهمان و اسامی شکات قرائت شد.

در نهمین جلسه دادگاه در ۱۱ بهمن ۱۴۰۲ نماینده دادستان به ادامه قرائت کیفرخواست پرداخت.

در دهمین جلسه دادگاه  در ۱۷ بهمن ۱۴۰۲، نماینده دادستان گفت: هویت این گروهک (منافقین) سلاحش است که در لوگوی آنها تجلی دارد.

در یازدهمین جلسه دادگاه  در  ۴ اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۳، قاضی دهقانی به وکیل این سازمان تذکر داد که سر وقت در جلسات دادگاه حاضر شود.

در دوازدهمین جلسه دادگاه در ۱۸ اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۳ ، قاضی دهقانی گفت: به کشورهایی که میزبان متهمان این پرونده هستند تذکر می‌دهیم، میزبانی از این متهمان برابر کنوانسیون‌ها بین الملی مبارزه با تروریسم جرم محسوب می‌شود. 

قرار بود سیزدهمین جلسه دادگاه در روز اول خردادماه برگزار شود که به دلیل شهادت آیت الله رییسی و هیات همراهش به ۸ خردادماه موکول شد. 

این پرونده ۱۰۴ متهم حقیقی و یک متهم حقوقی (تشکیلات گروهک منافقین) را دارد.

گزارش ایسنا از سیزدهمین جلسه دادگاه رسیدگی به اتهامات اعضای سازمان مجاهدین (منافقین) را می‌خوانید:

در ابتدای این جلسه،  قاضی دهقانی گفت: از اولین روز دادگاه تا امروز جلسات متعددی برای رسیدگی به این پرونده  برگزار شده است. نظر به اتمام کیفرخواست،  در حال استماع شکایات شکات توسط وکلای آنها هستیم.

وی ضمن تسلیت شهادت  ریاست جمهوری و همراهان ایشان گفت: نکته ای که در این کیفرخواست مهم است،  مساله اتهاماتی است که در قالب کیفرخواست به یک سازمان وارد شده است که اساس آن لطمه زدن به انقلاب اسلامی است‌.

وی با اشاره به آیه "أَشِدَّاء عَلَی الْکُفَّارِ..." گفت: أَشِدَّاء عَلَی الْکُفَّارِ به معنای شدت عمل نیست، یعنی سخت بودن و محکم بودن و غیرقابل نفوذ بودن. أَشِدَّاء عَلَی الْکُفَّارِ یعنی نگذارید در جامعه شما دشمن نفوذ کند.  نفوذ اصلی ترین دشمن ما از ابتدای انقلاب تاامروز است و  این پرونده و کیفرخواست واصله نظر به این که بدلیل یکی از اتهامات نفوذ در ارکان جمهوری اسلامی و نهادهای مرتبط با آن ایجاد شده است، در حال رسیدگی است و تا امروز ادامه دارد و تمام نمی شود.

وی افزود: همانطور که اهداف و تمرکز پلیس جنایی بین الملل مبارزه با تروریسم و استرداد مجرمین است،  این دادگاه مبادرت به صدور اعلان قرمز برای متهمان کرده است و شناسایی و ردیابی افراد مورد درخواست بعد از درخواست دادگاه و دادستان،  توسط پلیس جنایی بین الملل پذیرفته و اعلان قرمز برای آنها صادر شده است.

وی گفت: امروز به تمام کشورهای میزبان این متهمان اعلان میکنم با توجه به صدور اعلان قرمز،  تحت تعقیب پلیس بین المللی هستند و هر نوع پنهان کردن آنها توسط دولت هایشان،  برخلاف منشوری است که با آن منشور به عضویت پلیس جنایی بین الملل درآمدند و می تواند تحت  تعقیب  قرار گیرند.