، در اولین جلسه دادگاه در ۲۱ آذرماه ۱۴۰۲، نماینده دادستان، اتهامات ۴ نفر از متهمان پرونده یعنی تشکیلات موسوم به مجاهدین خلق (معروف به گروهک منافقین) متهم ردیف اول، مسعود رجوی متهم ردیف دوم، مریم قجر عضدانلو (رجوی)  متهم ردیف سوم و مهدی ابریشمچی متهم ردیف چهارم پرونده را قرائت کرد.

در جلسه دوم دادگاه در  ۲۸ آذرماه ۱۴۰۲، کیفرخواست متهمان ردیف ۵ تا ۲۳ پرونده اعم از زهره اخیانی، فهمیه اروانی، مهدی براهی، مژگان پارسایی، زهرا مریخی، محمد علی توحیدی خانیکی، علی خدایی، مهدی خدایی، عباسعلی داوری فیضی پورآذر، سید مجید سید المحدثین، صدیقه حسینی، مسعود طریقت، مهوش سپهری، قدسی خرازیان، مهناز سلیمیان، محسن سیه گلاه، مریم فضل مشهدی، بهشته شادرو، ژیلا دیهیم قرائت شد.

در جلسه سوم دادگاه در ۵ دی ماه ۱۴۰۲، نماینده دادستان کیفرخواست متهمان ردیف ۲۴ تا ۳۳ اعم از ابوالقاسم رضایی، حمیرا حجتی امامی،  محمود عطایی کاریزی،  گلناز جواهری ساعتچی،  مهربان حاجی نژاد،  مرتضی اسماعیلیان مارنانی،  دولت نوروزی،  زهرا بخشایی،  محمد حیاتی و نیکو خائفی اشکذری را قرائت کرد.  

در چهارمین جلسه در ۱۲ دی ۱۴۰۲، نماینده دادستان، قبل از قرائت ادامه کیفرخواست به تشریح جنایات گروهک تروریستی منافقین پرداخت.

در پنجمین جلسه دادگاه در  ۱۹ دی ماه ۱۴۰۲، کیفرخواست متهمان ۳۴ تا ۴۲ پرونده قرائت شد.

در ششمین جلسه دادگاه در ۲۶ دی  ماه ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۴۳ تا ۷۰ قرائت شد.

در هفتمین جلسه دادگاه در ۳ بهمن ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۷۱ تا ۸۹ قرائت شد.  

در هشتمین جلسه دادگاه در ۱۰ بهمن ماه ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۹۰ تا ۱۰۵ به همراه عناوین اتهامی متهمان و اسامی شکات قرائت شد.

در نهمین جلسه دادگاه ۱۱ بهمن ۱۴۰۲ نماینده دادستان به ادامه قرائت کیفرخواست پرداخت.

در دهمین جلسه دادگاه ۱۷ بهمن ۱۴۰۲، نماینده دادستان گفت: هویت این گروهک (منافقین) سلاحش است که در لوگوی آنها تجلی دارد.

در یازدهمین جلسه دادگاه ۴ اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۳، قاضی دهقانی به وکیل این سازمان تذکر داد که سر وقت در جلسات دادگاه حاضر شود.

در دوازدهمین جلسه دادگاه در ۱۸ اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۳ ، قاضی دهقانی گفت: به کشورهایی که میزبان متهمان این پرونده هستند تذکر می‌دهیم، میزبانی از این متهمان برابر کنوانسیون‌ها بین الملی مبارزه با تروریسم جرم محسوب می‌شود. 

در سیزدهمین جلسه دادگاه در ۸ خردادماه ۱۴۰۳، یکی از اعضای سابق سازمان مجاهدین خلق  (منافقین)، روایت‌هایی از شکنجه‌های منافقین را مطرح کرد.

این پرونده ۱۰۴ متهم حقیقی و یک متهم حقوقی (تشکیلات گروهک منافقین) را دارد.

 در ابتدای چهاردهمین جلسه دادگاه رسیدگی به اتهامات ۱۰۴ نفر از اعضای سازمان مجاهدین خلق موسوم به منافقین و همچنین ماهیت این سازمان به عنوان یک شخصیت حقوقی، قاضی دهقانی از وکیل شُکات خواست تا در جایگاه قرار بگیرد و مطالب خود را بیان کند.

وکیل شُکات با حضور در جایگاه گفت: جلسه گذشته به ماهیت تروریستی سازمان مجاهدین پرداخته شد. به‌عنوان وکیل شکات و خانواده شهدا ضروری می‌دانم طرح شکایت کنم. خانواده شهدا سه خواسته دارند؛ یک: مطالبه خسارت، دو: مطالبه دیه و سه: مطالبه ضرور و زیان ناشی از جنایاتی که علیه آن‌ها رخ داده است.

وی گفت: در کیفرخواست صادره عناوین اتهامی در خصوص اقدامات تروریستی و جنایات سازمان به اصطلاح مجاهدین خلق موسوم به گروهک منافقین درج شده است.

وکیل شُکات بیان کرد: بیش از ۱۷ هزار نفر توسط این گروهک به شهادت رسیده‌اند و در کیفرخواست نام حدود ۶۰۰ شهید درج شده است و تقاضا داریم نام تمام شهدا در کیفرخواست اضافه شود و در مورد آن‌ها نیز صدور رای انجام شود.

وی در رابطه با جرایم و اتهامات سازمان مجاهدین خلق به‌عنوان شخصیت حقوقی گفت: مجاهد خلق فردی است که برای خلق جهاد می‌کند، مجاهد خلق هواپیماربایی نمی‌کند و مجاهد خلق به اماکن فرهنگی و دانشگاه حمله و بمب‌گذاری نمی‌کند و کودکان و افراد بی‌گناه را به بهانه اینکه با نظام و حاکمیت مخالف است، نمی‌کشد.

مرادیه، وکیل شکات بیان کرد: اشخاص حقوقی و متهم و عناوین اتهامی آنها عبارتند از: «الف»- افساد فی‌الارض از طریق اجتماع با مباشرین و مسببین اقدامات جنایتکارانه و گسترده ارتکابی توسط اعضای سازمان‌یافته خود در زمینه ارتکاب جرایم علیه امنیت داخلی و خارجی جمهوری اسلامی ایران؛ ایجاد احراق و تخریب در حد وسیع، جنایات گسترده علیه تمامیت جسمانی افراد که منتهی به قتل و شهادت ۱۷ هزار نفر از اتباع ایران اسلامی شد، اخلال شدید در نظم عمومی کشور، ناامنی و ورود خسارت عمده به تمامیت جسمانی افراد و اموال عمومی و خصوصی، از حیث تامین هدف قیام مسلحانه علیه حاکمیت مشروع مستقر در کشور ایران یعنی جمهوری اسلامی.

وی ادامه داد: تروریسم یعنی قیام علیه نظام مشروعی که مردم آن را پذیرفته باشند که مصداق بارز تک تک جرایمی که این سازمان و اعضای آن مرتکب شدند، است. این موضوع هم بر اساس قانون مبارزه با تامین مالی تروریسم مصوب سال ۹۴ و هم کنوانسیون‌های مختلف بین‌المللی، از جمله کنوانسیون بین‌المللی مبارزه با تروریسم مشمول این مصداق است؛ بر اساس این قانون تقاضای محکومیت این سازمان و اعضای آن را در خصوص جرم تروریسم دارم.

وی در توضیح اتهام مورد «ب» گفت: تسبیب در بغی و اجتماع با اعضای باغی از طریق طراحی بخش‌های مختلف و سازماندهی یکی از سیاست‌های کلی سازمان مجاهدین این بوده است که کلیه عملیات‌ها مسلحانه و خشونت‌آمیز باشد که در تمامی عملیات‌ها و جرایمی که روی داده این بحث را مشاهده می‌کنید.