بر این اساس پنجره واحد گمرکی وسامانه جامع گمرکی در کمتر از یک دقیقه پاسخ هر استعلام را از طریق پیامک و بدون دخالت عوامل انسانی و به صورت اتوماتیک در اختیار واحد استعلام کننده قرار می دهد که بخش عمده ای از این محموله ها به ظن قاچاق در بررسی کنترل تردد حامل ها توقیف وجهت تعیین تکلیف، مأموران نیروی انتظامی از طریق پنجره واحد گمرکی و سامانه جامع گمرکی موضوع را استعلام می کنند.

قبل از راه اندازی سامانه جامع گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی فرآیند استعلام محموله هایی که به ظن قاچاق توقیف می شدند به صورت دستی و کاغذی انجام می شد که این موضوع علاوه بر زمان بر بودن امکان جعل و سوء استفاده از اسناد کاغذی را فراهم می کرد.

یکی از مهمترین خدمات سامانه جامع گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی به امر مبارزه با قاچاق کالا، حذف پروانه های کاغذی و جایگزینی پروانه های الکترونیکی بود و با این اقدام احتمال جعل و سوء استفاده از پروانه های گمرکی به صفر رسیده است.

ثبت الکترونیکی تمامی فرآیندها از جمله اظهار صاحب کالا، مجوزهای سازمان های همجوار، اظهارنظرارزیاب، کارشناس، ارزش گذاری، تعرفه کالایی و حتی مقصد بارگیری، پلاک کامیون، مشخصات راننده و  انبارمقصد از دیگر قابلیت های این سامانه است که حتی پس از ترخیص محموله نیز امکان پیگیری سیستمی تخلفات احتمالی را فراهم می کند.

برخی قاچاقچیان برای منحرف کردن مسیر پرونده ها و دستگاه کاشف اعلام می کنند که از طریق گمرکات کالا را وارد کرده اند اما این اقدامات بدون ارائه شماره کوتاژ اظهارنامه مورد ادعا و پته الکترونیکی فاقد اعتبار است. یکی از شگردهای قاچاقچیان این است که بخشی از کالا را با پرداخت کامل حقوق و عوارض گمرکی و کاملا قانونی از گمرک خارج و پس از خروج کالای قاچاق از همان نوع کالا را به عمق کشور وارد می کنند که البته وظیفه گمرک صرفا در ارتباط با کالایی است که به گمرک اظهار و اطلاعات آن در سامانه جامع گمرکی ثبت‌و کوتاژ برای همان کالا ثبت شده است .

با توجه به اینکه فرآیند گمرک کاملا الکترونیکی شده و حتی عدل بندی، بارنامه و فاکتور خرید هم به روش الکترونیکی در سامانه گمرک ثبت می شود، گمرک اسناد مثبته گمرکی و کوتاژ کالاهای ورودی را در خصوص چگونگی ورود این کالاها درخواست می کند که نمونه عینی آن قاچاق ۸۰ تن پوشاک طی هفته های اخیر بوده است اما هیچ سندی ارائه نشده و اعلام می شود روش ورود کالاها از طرق دیگری صورت گرفته است .

در صورتیکه قاچاقچیان اسنادی مبنی بر ورود این کالاها با اظهار غیر واقعی ارائه می کردند گمرک به صورت الکترونیکی صحت و سقم‌ این ادعا را بررسی می کرد اما با توجه به اینکه هیچ گونه سند گمرکی از سوی قاچاقچیان ارائه نشده و در پرونده موجود نیست بنابراین قاچاق این کالاها محرز شده و می بایست علاوه بر جرایم قاچاق، کالاها توقیف شود .

گمرک ایران آمادگی دارد در صورت ارائه شماره کوتاژ و یا پته الکترونیکی هر گونه محموله ادعایی مبنی بر اظهار غیر واقعی موضوع را به کمک سامانه های الکترونیکی در سریع ترین زمان ممکن پیگیری و با اعلام جزئیات اظهار و ارزیابی کارشناسان به سازمان کاشف، کالای اظهاری، میزان اخذ حقوق و عوارض پرداختی، نوع اظهار، نوع کامیون بارگیری و روز و حتی ساعت حرکت را به منظور تنویر افکار عمومی در اختیار رسانه ها قرار دهد. اطلاعات کامل تمامی محموله های خروجی از گمرکات در سامانه های گمرک موجود است و هر گونه ادعایی در رابطه با محموله های خروجی از گمرکات، بدون وجود اطلاعاتی از محموله در سامانه جامع گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی فاقد اعتبار است .

در خصوص پرونده اخیر قاچاق پوشاک نیز قاچاقچیان در اظهارات اولیه ادعا می کنند از طریق گمرکات جنوبی محموله را با اظهارنامه غیر واقعی وارد کرده اند و اظهار نظر مسئولان سازمان کاشف نیز در مرحله مقدماتی و بر پایه ادعاهای قاچاقچیان بوده که در بررسی های بعدی مشخص شد نه تنها اظهار غیر واقعی در کار نبوده بلکه اساسا پته یا کوتاژی هم در اختیار نداشته اند که نوبت به بررسی های بعدی برسد. بنابراین این ادعاها کذب محض بوده و گمرک ایران آمادگی دارد در صورت ارائه هر گونه سند گمرکی سریعا پرونده را بررسی و نتایج را در اختیار رسانه ها قرار دهد.