این جایزه در دو بخش؛ برگزیدگان جایزه مصطفی (ص) و برگزیدگان مقیم کشورهای اسلامی جایزه مصطفی به صورت فردی و یا گروهی؛ به مسلمانان جهان یا اتباع ۵۷ کشور اسلامی، بدون محدودیتی در سن، جنس و یا دین و مذهب اعطا می شود.

آثار نامزد جایزه مصطفی (ص) با تمرکز بر سطح برجستگی سه اصل، با اولویت اثر، تاثیر اثر و صاحب اثر از سوی اشخاص حقوقی معتبر در حوزه های علمی و فناوری شامل دانشگاه ها، مراکز علمی، انجمن های علمی و فناوری، فرهنگستان های علوم، پارک‌ها و مراکز رشد علم و فناوری و یا از سوی اشخاص حقیقی برتر در حوزه های مرتبط، شامل سایر دانشمندان و فناوران به دبیرخانه این جایزه جهانی معرفی می شوند. برگزیدگان، در ششمین "هفته جایزه مصطفی" علاوه بر دریافت لوح و مدال جایزه، هدیه ای ویژه را به صورت نقدی، بر اساس نیاتی متعالی از خیرین و واقفین دوراندیش، در آیینی باشکوه و با حضور شخصیت های بین المللی دریافت می کند.

براساس اعلام بنیاد مصطفی (ص)، ‌ مهلت اشخاص حقیقی و حقوقی علمی و فناوری برای معرفی و ارسال آثار نامزد در این دوره از اعطای جایزه مصطفی تا روز شنبه ۱۰ شهریور ۱۴۰۳ (۳۱ آگوست ۲۰۲۴) اعلام شده است. علاقمندان می توانند برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد چگونگی معرفی نامزد یا ارزیابی و داوری این آثار و ثبت آن در سامانه به درگاه www.mustafaprize.org مراجعه کنند.