به نقل از دیوان محاسبات کشور، یافته های این نهاد نظارتی نشان می دهد که وجوه واریزی به حساب سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها از منابع حاصل از صادرات منابع نفتی‌وگازی و فروش داخلی فرآورده‌های نفتی تعیین‌شده، در ۹ ماهه ۱۴۰۳ کمتر از ۵۳ درصد(به نسبت کل سال ۴۰درصد) احکام بودجه بوده‌است.

جهت شفاف سازی در عملکرد سازمان هدفمندی و همچنین مدیریت بهینه منابع بودجه کشور، دیوان محاسبات کشور بر واریز تمامی منابع حاصل از اجرای قانون هدفمندی، از مبدا به حساب متمرکز بانک مرکزی تاکید دارد.