متن نامه رئیس جمهور به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای دکتر ظریف
وزیر محترم امور خارجه
سلام علیکم
نامه استعفای مورخ ششم اسفندماه 97 جنابعالی را دیدم. جنابعالی به حفظ شان و اعتبار وزارت امور خارجه ، و جایگاه شخص وزیر امور خارجه به عنوان بالاترین مقام مسوول در اجرای سیاست خارجی کشور ، قابل درک و مورد تایید اینجانب است.
وزارت امور خارجه عهده دار روابط خارجی و زمینه ساز تحقق امنیت و منافع ملی است. لذا همانطور که بارها دستور داده ام تمامی دستگاه ها، اعم از دولتی و یا حاکمیتی ، باید در هماهنگی کامل با این وزارت ، در زمینه روابط خارجی باشند.
از زحمات و تلاش های بی وقفه جنابعالی در دوران تصدی مسوولیت سنگین وزارت امور خارجه، در دولت یازدهم و دوازدهم قدردانی می کنم و از آنجا که شما را به تعبیر مقام معظم رهبری "امین، غیور ، شجاع و متدین" و در خط مقدم ایستادگی در برابر فشارهای همه جانبه آمریکا می دانم ، پذیرش استعفای جنابعالی را بر خلاف مصالح کشور می دانم و با آن موافقت نمی کنم.
اینجانب نسبت به فشارهای وارده به دستگاه دیپلماسی کشور ، دولت و حتی رئیس جمهور منتخب مردم به خوبی آگاهم. ما به عهدی که با خدا و ملت بسته ایم ، تا پایان وفادار می مانیم و اطمینان دارم که به فضل الهی از این مرحله سخت عبور خواهیم کرد.
موفقیت های وزارت امور خارجه فقط طی ماه های اخیر در مقابله با توطئه های آمریکا در نیویورک، وین ، بروکسل ، لاهه ، ورشو، مونیخ و ... پیروزی های سیاسی در سطح منطقه ای و بین المللی قابل توجه بوده است. شادی و پایکوبی دشمنان قسم خورده این مردم همچون رژیم صهیونیستی، از استعفای جنابعالی بهترین گواه بر موفقیت "محمد جواد ظریف" و بزرگترین دلیل برای استمرار فعالیت شما در سمت "وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی ایران " است. جنابعالی مورد اعتماد اینجانب و مجموعه نظام جمهوری اسلامی و به خصوص مقام معظم رهبری هستید. شما با قوت ، شجاعت و درایت به مسیر خود ادامه دهید که خداوند با بندگان صالح خود است.

حسن روحانی
رئیس جمهوری اسلامی ایران