«ماده ۱-
- یک تبصره به عنوان تبصره (۱) به ماده (۱) الحاق و تبصره فعلی به عنوان تبصره (۲) اصلاح می‌شود.
تبصره ۱- فعالیت‌های موسسات خصوصی حرفه‌ای عهده دار خدمات عمومی که هیچگونه ارتباطی با مأموریت های عمومی آن دستگاه ندارد از شمول این قانون مستثنی است. تشخیص فعالیت‌های مذکور بر عهده کمیسیون موضوع ماده (۱۸) قانون انتشار و دسترسی آزاد به اطلاعات مصوب  ۶/ ۱۱/ ۱۳۸۷ با اصلاحات و الحاقات بعدی آن می باشد.
ماده ۲-
- در ماده (۲) کمیسیون بر مصوبه قبلی مجلس اصرار ورزید.
ماده ۴-
- در ماده (۴) عبارت «یک‌سال» جایگزین عبارت «شش ماه» می شود.»
به این ترتیب ۱ و ۴ قانون طرح دوفوریتی شفافیت قوای سه گانه و دستگاههای اجرایی و سایر نهادها به شرح زیر اصلاح شد:
ماده ۱- دستگاه‌ها، نهادها، سازمان‌ها و مؤسسات مشمول این قانون عبارتند از:

الف- قوه مقننه شامل مجلس شورای اسلامی، دیوان محاسبات کشور و تمامی سازمان‌ها و مؤسسات وابسته به آنها
ب- هیئت وزیران و کلیه کمیسیونها و کارگروه‌های متشکل از وزرا یا نمایندگان دستگاه‌های دولتی، کلیه وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و مؤسسات دولتی، شرکت‌های دولتی، شرکت‌هایی که دولت یا موسسات عمومی غیردولتی در آن دارای سهام مدیریتی یا سهام کنترلی باشند، شعب بدوی و تجدیدنظر سازمان تعزیرات حکومتی، مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت وهمچنین دستگاه‌هایی که شمول قانون بر آنها مستلزم ذکر یا تصریح نام است، اعم از اینکه قانون خاص خود را داشته و یا از قوانین و مقررات عام تبعیت نمایند از جمله شرکت ملی نفت ایران، شرکت ملی گاز ایران، شرکت ملی صنایع پتروشیمی ایران، سازمان گسترش و نوسازی صنایع ایران، سازمان توسعه و نوسازی معادن و صنایع معدنی ایران، سازمان بنادر و دریانوردی وشرکت کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران، سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران و تمامی مؤسسات و شرکت‌های تابع یا وابسته به آنها، دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزشی و پژوهشی به استثنای دانشگاه‌ها و موسسات آموزشی و پژوهشی خصوصی، دانشگاه آزاد اسلامی و مؤسسات و نهادهای عمومی غیردولتی ازجمله شهرداری‌ها، هلال احمر جمهوری اسلامی ایران و تمامی سازمان‌ها، مؤسسات و شرکت‌های تابع یا وابسته به آن‌ها، صندوق‌های بازنشستگی از جمله صندوق بازنشستگی کشوری، صندوق‌های بازنشستگی پس انداز و رفاه کارکنان صنعت نفت، صندوق ذخیره فرهنگیان، صندوق بازنشستگی سازمان صدا و سیما و صندوق بازنشستگی کارکنان فولاد.

پ- قوه قضائیه شامل دادگستری و مراجع قضایی مانند: دادگاه انقلاب و دادسرا، دیوان عالی کشور، دادستانی کل و نیز تمامی سازمان‌ها، مؤسسات و شرکت‌های تابع یا وابسته به آنها از جمله سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور، سازمان بازرسی کل کشور، دیوان عدالت اداری، سازمان قضایی نیروهای مسلح، سازمان ثبت اسناد و املاک کشور و همچنین شوراهای حل اختلاف و نهادهای تحت نظر آن مانند مرکز وکلا، کارشناسان رسمی و مشاوران خانواده قوه قضائیه، کانون‌های وکلای دادگستری، کانون کارشناسان رسمی دادگستری، کانون سردفتران و دفتریاران، کانون دفاتر خدمات الکترونیک قضایی مرکزی.
ت- کلیه شوراها و شوراهای عالی که به موجب قانون مصوب مجلس شورای اسلامی یا شورای انقلاب تشکیل شده‌اند و همچنین شوراهای عالی وابسته به قوه مجریه، شوراهای اسلامی شهر و روستا، بخش، شهرستان، استان و شورای عالی استانها.

تبصره- شورای امنیت کشور، شوراهای تأمین استان‌ها و شهرستان‌ها از حکم این بند مستثنی هستند.

ث- سازمان‌های مردم نهاد و خیریه‌ها و شرکت‌های تعاونی توسعه و عمران شهرستانی و کلیه مؤسسات خصوصی عهده‌دار خدمات عمومی موضوع بند «ب» ماده (۱) قانون ارتقای سلامت نظام اداری و مقابله با فساد مصوب ۱۳۹۰ مانند سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران، سازمان‌های نظام مهندسی، اتاق‌های بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران، اصناف و تعاون.

تبصره ۱- فعالیت‌های موسسات خصوصی حرفه‌ای عهده دار خدمات عمومی که هیچگونه ارتباطی با مأموریت های عمومی آن دستگاه ندارد از شمول این قانون مستثنی است. تشخیص فعالیت‌های مذکور بر عهده کمیسیون موضوع ماده (۱۸) قانون انتشار و دسترسی آزاد به اطلاعات مصوب  ۶/ ۱۱/ ۱۳۸۷ با اصلاحات و الحاقات بعدی آن می باشد.

تبصره ۲- نیروهای مسلح، وزارت اطلاعات و سازمان انرژی اتمی ایران از حکم این قانون مستثنی هستند.

ماده ۴- مشمولین این قانون به استثنای شوراهای اسلامی روستا موظفند هر یکسال یک‌بار گزارش عملکرد اجرای این قانون را به مجلس شورای اسلامی ارسال نمایند.

در ایرادات شورای نگهبان برای ماده ۴ آمده بود که«در ماده (۳)، با توجه به اصرار مجلس شورای اسلامی بر مصوبه سابق خود، ایرادات پیشین این شورا کماکان به قوت خود باقی است. ایرادات مربوط به ماده (۴) نیز مبنیاً به قوت خود باقی است.

با عنایت به نظر هیأت عالی نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام در خصوص طرح فوق، مصوبه در موارد مذکور در نامه این هیأت، مغایر بند ۲ اصل ۱۱۰ قانون اساسی شناخته شد. به پیوست نظر این هیات به شماره  ۰۱۰۱/ ۱۰۲۹۲۰ مورخ  ۱/ ۹/ ۱۴۰۱ در خصوص این طرح عیناً جهت اقدام لازم ارسال می گردد.

(مغایرت های مذکور در خصوص مواد ۱، ۲، ۳ و ۴ مصوبه مجلس شورای اسلامی کماکان به قوت خود باقی است.)»

در ایرادات شورای نگهبان درباره ماده ۲ طرح شفافیت قوای سه گانه و دستگاههای اجرایی و سایر نهادها آمده بود که «با عنایت به نظر هیأت عالی نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام در خصوص طرح فوق، مصوبه در موارد مذکور در نامه این هیأت، مغایر بند ۲ اصل ۱۱۰ قانون اساسی شناخته شد.» اما نمایندگان مجلس با رد این ایراد، بر مصوبه خود به شرح زیر اصرار کردند:

«ماده ۲- مشمولین این قانون موظفند داده‌ها و اطلاعات ذیل را که مربوط به آن دستگاه می‌باشد، از طریق سامانه‌های مربوط به خود منتشر و در دسترس عموم قرار دهند:

الف- اطلاعات مدیران و کارکنان شامل تحصیلات، سوابق، میزان دریافت ماهانه و سالانه و نحوه به‌کارگیری آن‌ها و همچنین برنامه‌ها، صلاحیت‌ها و طرح‌های مصوب و فرآیندهای اداری مؤسسات مشمول

ب- اطلاعات راجع به اموال، دارایی‌ها، درآمدها و هزینه‌ها، تخصیص و توزیع بودجه و تجهیزات، واگذاری زمین، تسهیلات، مشخصات املاک و ساختمان‌ها (تحت تملک، در اختیار و مورد استفاده یا بهره‌برداری) و همچنین کمک‌ها و واگذاری‌های بلاعوض اعم از اعطایی و دریافتی

تبصره- سازمان های خیریه از اعلام اسامی کمک گیرندگان مستثنی هستند.

پ- کلیه آراء قطعی مراجع قضائی و شبه قضائی با رعایت موازین امنیتی و شرعی و حفظ اطلاعات شخصی
ت- متن، متمم و الحاقات تمامی قراردادهای مربوط به معاملات بزرگ و متوسط مطابق قوانین و مقررات کشور
ث- مبالغ تعرفه‌ها و عوارض و هزینه‌های ارائه خدمات و مصوبات، مرجع تصویب آنها و مستندات مربوط به صلاحیت تصویب
ج- فرصت‌های سرمایه‌گذاری و همکاری در قالب‌های مشارکت و شرایط استفاده از این فرصت‌ها
چ- فرصت‌های اشتغال و به‌کارگیری و جذب نیروی انسانی و شرایط آن
ح- فرآیندها و مراحل اداری اخذ و صدور هرگونه مجوز یا پروانه فعالیت
خ- تمامی اسناد بالادستی، قوانین و مقررات حوزه فعالیت خود.

تبصره۱- شمول بندهای «الف»، «ب»، «ت»، «ج» و «چ» این ماده بر نهادهای زیرنظر مقام معظم رهبری منوط به اذن ایشان است.

تبصره۲- عدم انتشار موضوع هریک از بندهای این ماده در موارد امنیتی و مغایر مصالح ملی با درخواست بالاترین مقام دستگاه و صرفاً با تشخیص دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی مجاز خواهد بود.

تبصره۳- در صورت اختلاف در تشخیص مصادیق موضوع این ماده، تصمیم‌گیری در خصوص بند «الف» ماده (۱) این قانون بر عهده جلسه مشترک هیأت رئیسه و رؤسای کمیسیون‌های تخصصی مجلس شورای اسلامی و در خصوص بند «پ» ماده مزبور بر عهده رئیس قوه قضائیه و در سایر موارد بر عهده کمیسیون موضوع ماده (۱۸) قانون انتشار و دسترسی آزاد به اطلاعات مصوب ۶/    ۱۱/  ۱۳۸۷ با اصلاحات و الحاقات بعدی است.»

گفتنی است که با توجه به اینکه نمایندگان مجلس پیشتر نیز در مورد مواد (۳) و (۴) به ترتیب در جلسات مورخ  ۱۱/ ۵/ ۱۴۰۱ و  ۱۷/  ۸/ ۱۴۰۱ اصرار ورزیدند، به این ترتیب طرح شفافیت قوای سه گانه و دستگاه‌های اجرایی و سایر نهادها جهت رفع اختلاف نظر میان مجلس و شورای نگهبان به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارجاع داده می‌شود.