با رای نمایندگان مجلس شورای اسلامی، تبصره ۱ این طرح به شرح زیر اصلاح شد:

کارگروه یا کمیته دائمی پدافند غیرعامل کشور به ریاست رئیس ستاد کل نیروهای مسلح ، بالاترین مرجع تصمیم گیری در حوزه پدافند غیرعامل کشور است که تصمیمات آن با ابلاغ رئیس کارگروه مزبور برای همه دستگاه های لشکری و کشوری، بخش دولتی و عمومی غیر دولتی لازم الاجرا است. مستنکفان علاوه بر جبران خسارات وارد شده به مجازات موضوع ماده ۵۷۶ کتاب پنجم قانون مجازات اسلامی محکوم می شود و چنانچه خسارتی وارد نشده باشد برابر قانون رسیدگی به تخلفات اداری با مستنکف رفتار خواهد شد. تصویب و اجرای این قانون نافی وظایف و اختیارات قانونی دستگاه های دیگر از جمله وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، نمی باشد و در صورت بروز تساهم تصمیم کارگروه دائمی پدافند غیرعامل ملاک عمل خواهد بود.

همچنین با رای نمایندگان مجلس شورای اسلامی، تبصره ۳ این طرح به شرح زیر اصلاح شد:
کلیه دستگاه های موضوع ماده ۵ قانون مدیریت خدمات کشوری، مکلف هستند در طرح های تملک دارایی های سرمایه ای خود به منظور پیشگیری و مقابله با تهدیدات زیرساخت های حیاتی، حساس و مهم خود و در اجرای این قانون اعتبارات لازم را پیش بینی کرده و در قالب توافقنامه ای که بین سازمان پدافند غیرعامل کشور و دستگاه مربوطه تنظیم می شود، هزینه نماید. سازمان پدافند غیرعامل بر اجرایی شدن مفاد توافقتنامه فی مابین نظارت نموده و گزارش عملکرد آن را باید هر سه ماه یکبار به کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس شورای اسلامی ارائه کند.